“สีธรรมชาติ” (Natural Color) บนฉลากหมายถึงสีที่ได้จากแหล่งธรรมชาติ เช่น พืช ผัก แร่ธาตุ หรือจุลินทรีย์ ไม่ใช่สีสังเคราะห์ สีเหล่านี้ส่วนใหญ่ผ่านการสกัดและทำให้เข้มข้น คำว่า “ธรรมชาติ” จึงบอกที่มา ไม่ได้แปลว่าไม่ผ่านการแปรรูป ฉลากไทยแยกสีธรรมชาติออกจากสีสังเคราะห์ และมักระบุรหัส INS ไว้ด้วย
ในขนมรสเค็ม สีธรรมชาติที่พบบ่อยที่สุดคือโอลีโอเรซินพริกปาปริกา (INS 160c (i)) ซึ่งให้สีส้มแดงแก่ผงปรุงรสชีส พิซซ่า และพริก เช่น เถ้าแก่น้อย สาหร่ายทอดแผ่น - รสชีส สีธรรมชาติอื่นที่พบบนซองขนมที่รีวิวไว้ ได้แก่ สีคำแสด (INS 160b (i)) ในปาร์ตี้ คริสปี้พาย แคโรทีน (INS 160a (ii)) ในป๊อกกี้ และสีคาราเมล (INS 150d) ในโคอะลา มาร์ช
สีธรรมชาติบางชนิดก็เกี่ยวข้องกับข้อจำกัดด้านอาหาร เช่น คาร์มีน (INS 120) สีแดงที่ทำจากแมลงโคชินีล จึงไม่เหมาะกับผู้ทานมังสวิรัติ
